“显微镜下的大明”故事发生在大明崇祯年间，因为一桩奇怪的案件，大明朝廷派出抚按特务小组调查案件，而这个小组的每个成员都有着超出常人的能力，为揭开真相而奋斗。本剧在延续传统历史剧的叙事模式的同时，融合了探案类型的情节元素，通过人物的推理、剖析，还原了大明朝时期的社会现实和政治风貌。
通过故事中出现的显微镜概念，以及人物对其的探索、应用，本剧自然肆意地展现了一段属于大明时代的“科技革命”，大明时期的革命或许不是现在我们理解的那样，但却在当时实实在在地对中国历史存在着影响。剧中白天明、郑芝龙等人物也是学术界和科考之路的重要人物，大明时期的科学界和文化界，通过这几位人物的经历，得到了承接的再现。
推理模式的叙事风格让整个故事愈加紧凑，更加扣人心弦，以及对大明时期的社会形态、思想风貌的道貌岸然的阐述，更是使剧集更显谷之深厚。其中在剧情最后揭晓的结论，更是对大明时期人性，以及官场乱象的鞭策。
《显微镜下的大明》是一部高水准的历史推理剧，是大明时期的另一种“革命乐章”，为我们展示了那个纷繁冗杂、价值观混杂的时代。
